Auteur en 2005 d’une thèse sur « la Ligue des Droits de l’homme de 1898 à 1940 », à paraître chez Fayard, membre des comités de rédaction d’Histoire@Politique et de Matériaux pour l’histoire de notre temps, Emmanuel Naquet travaille sur les associations, la culture politique, le modèle républicain, les formes d’engagement, champs sur lesquels il a publié une cinquantaine de contributions. Il vient de diriger, avec Gilles Manceron, la publication des actes du colloque international tenu à l’École militaire en 2006, Être dreyfusard, hier et aujourd’hui (PUR, 2009).